贞观四年，东突厥被灭，西北各民族尊称太宗为天可汗，唐太宗成为了天下共主，唐朝经济也大为好转，因此，唐太宗有了一些骄傲的情绪，不太听得进劝谏了。一次，唐太宗气愤地对长孙皇后说：“一定要杀掉魏征这个乡巴佬，一泄我心头之恨！”贞观十一年和贞观十二年魏征分别上奏了著名的《谏太宗十思疏》和《十渐不克终疏》，在《十渐不克终疏》中，魏征列举了唐太宗执政初到当前为政态度的十个变化，这使太宗很不高兴，为后来清算魏征埋下了种子。
公元643年，魏征病死。唐太宗很难过，不仅给以优厚待遇，还亲自去魏征家吊唁，并且说魏征是他的一面镜子，如今失去了。
魏征曾经向唐太宗秘密推荐当时的中书侍郎杜正伦和吏部尚书侯君集，说他们有当宰相的才能。可是在魏征死后，杜正伦因为负罪被罢免，候君集因参与谋反而被斩首。李世民开始怀疑魏征在朝廷有因私营党的嫌疑。