陈水扁还喜欢以“过境外交”的方式，以过境美国地点的不同，美国接待规格的高低，来作为台美关系的展示，但由于陈水扁时期台美关系的恶化，陈水扁的过境地点从2001年5月过境“最高级别”的地点纽约以及高规格接待，到2006年，因美国只允许过境“级别很低的”地点阿拉斯加，且没有接待，而导致陈水扁临时决定放弃过境美国，专机绕过西半球，半途还发生了飞机找不到降落地点，甚至无法加油的混乱，最终只得到达了南美洲。陈水扁最后一次出访中南美洲，则根本没有过境美国的规划。
陈水扁在两岸经济文化往来方面的态度，也从“积极开放，有效管理”转为“积极管理，有效开放”，还将大陆的媒体驱逐出台湾。在整个陈水扁执政的时期，两岸关系长期处于低谷，台美关系也遭到恶化。