行政管理——教授治校。这是他大学行政管理的基本思想。教授治校，是为了建立民主的管理体制，防止校长主观专断，随意办事。之所以实行教授治校，更主要的是为了依靠真正懂得教育和学术的专家，来管理学校。这不仅彻底扭转了旧北大一切校务由校长等少数几个人决定的状况，而且大大调动了教授们的积极性和创造性，出现了民主办校的生动局面。
总之，他大学教育思想的基本特征是民主和科学，目的是要把大学办成高水平的教学科研中心，他不仅为我国近现代大学教育理论的形成打下了坚实基础，而且，许多真知灼见，至今仍对办好大学有一定的指导借鉴意义。
§三妻相继
蔡元培的一生成就有目共睹，而他的婚姻和教子，更是耐人寻味。他一生经历三次婚姻，旧式婚俗、中西合璧婚礼、完全新式婚礼，囊括古今；他对子女的因材施教也是令人眼前一亮。
三次婚姻
1889年，22岁的蔡元培迎娶了第一位夫人王昭。这次婚姻，完全是“父母之命，媒妁之言”。王昭有洁癖，花钱极节省，而他却生性豪放、不拘小节。为此，婚后两人经常发生口角。
1900年，西方民主与科学的思潮，开始渗入我国。这一年，他写出了《夫妻公约》，结婚十多年后，以此逐步互相理解，修复感情裂痕，重新调整了与妻子的关系。可惜，这一年，王昭因病离开了人世。