事情的缘由还得从头说起。1526年，捷克并入神圣罗马帝国的版图，德国皇帝同时兼任捷克的国王，但是，捷克人民享有宗教自决权和政治自治权等权力。但是到了三世皇帝马提亚(1612年～1619年)在任时期，他派遣耶稣教士深入捷克，企图在那里恢复天主教的统治。他还指定斐迪南为国王，遭到了捷克人民的强烈反对。当国会向马提亚提出抗议时，他拒绝了，并宣布新教徒为暴徒。捷克人民义愤填膺，于1618年举行起义，冲进王宫，将国王派来的两个钦差大臣从窗口扔到了壕沟里。这个将钦差大臣“掷窗事件”就是捷克人民向哈布斯堡王朝起义的首举，也成了三十年战争的导火线。
三十年战争的过程大致可分为四个阶段，也就是捷克、巴拉丁时期(1618年～1624年)；丹麦时期(1625年～1629年)；瑞典时期(1630年～1635年)；法国、瑞典时期(1636年～1648年)。掷窗事件发生后，捷克组成以图伦伯爵为首的临时政府，宣布摆脱哈布斯堡家族的统治。1619年，捷克国会推举新教同盟首领菲特烈同国王斐迪南作战。战争一开始，捷克进兵顺利，6月进攻到维也纳近郊。斐迪南慌忙向天主教同盟求救，并把巴拉丁爵位让给巴伐利亚公爵。天主教同盟立即出兵25000人，并向皇帝提供大量金钱作为援助，同时西班牙也出兵进攻巴拉丁。1620年11月，天主教同盟军击败捷克和巴拉丁的联军，菲特烈国王逃亡荷兰，西班牙占领巴拉丁。捷克成为奥地利的一个省，德国人获得了捷克封建主四分之三的土地。外来的执政者还强迫捷克人民改信天主教，强迫他们焚烧捷克书籍，同时宣布德语为捷克的国语。