土尔扈特西迁后，一直不忘故土，与厄鲁特蒙古各部保持着联系。和鄂尔勒克汗曾将女儿嫁给准部马图尔浑台吉，马图尔浑又把女儿嫁给土尔扈特的朋楚克，朋楚克将女儿嫁给和硕特的鄂齐尔图车臣汗；尔后土尔扈特汗阿玉奇的女儿则嫁给策妄阿拉布坦，和硕特车臣汗之女又嫁给阿玉奇长子沙克都尔扎布，噶尔丹策零之女嫁给土尔扈特的马图尔乌巴什。这些婚姻关系，表明土尔扈特部一直视自己为厄鲁特蒙古家族的一员。
身居异域的土尔扈特，与清朝同样往来不绝。顺治十二年（公元1655年），和鄂尔勒克汗长子书库尔岱青遣使向清朝“奉表贡”。因“蒙古俗最重喇嘛”，书库尔岱青还亲自入藏“熬茶、供佛、谒达赖喇嘛”。康熙年间，土尔扈特汗阿玉奇之嫂携子阿喇布珠尔入藏礼佛，归途“以准噶尔道梗，留嘉峪关外，遣使到京师，请内属”。当康熙出兵西北时，土尔扈特部在军事上和道义上支持清军平定准噶尔贵族叛乱。三十五年（公元1696年），平定噶尔丹的战役中，阿玉奇汗闻讯派宰桑率1000余人赴阿尔泰的土鲁图地方协助清军。战争结束后，他又派人向清朝“入贡祝捷”。康熙五十五年，策妄阿拉布坦叛乱，清廷命和硕特部派兵扼守准部通青海、西藏的要隘噶斯。阿玉奇汗的侄子阿喇布珠尔时在青海，主动请命效力，率300人屯守噶斯。