从他上了这道疏之后，就存在很多误读。这种误读包括两方面。
第一，后来人的误读。学历史的人都说，海瑞这样做是典型的人到中年，是一个迂腐的老愤青。没错，海瑞上疏诤谏是爆了很多猛料，连同嘉靖皇帝的私生活都指指点点。这样骂皇帝，确实千古未有。不过，绝大多数人都没留意到，如同前面的几次小试牛刀一样，海瑞同志是讲究讲话技巧的。不要只注意到他在疏里骂皇帝，还要看到他的行文都是以质朴忠臣自居，而且一来就说嘉靖皇帝的天资把汉文帝甩开了几条街，只要皇上稍微“振作”一下，就直追尧舜了，等等。好话坏话轮着说，亦捧亦踩，字里行间都是一曲忠诚的赞歌，这才是嘉靖皇帝最终不忍杀海瑞的原因。嘉靖一遍遍重读海瑞的奏疏，一会儿气炸了，怒骂海瑞是“畜物”；一会儿理智又回来了，说海瑞自比比干，但我怎能做商纣王啊！海瑞的人情练达程度，绝对远超我们对他的成见。他称得上是怼人文本写作的大师。
第二，当时人的误读。海瑞这道疏在当时就很出名，至少在京官的圈子里人人皆知。以他们当官的智商，不至于读不出海瑞这道疏除了“骂皇帝”之外的另一个重点——“骂百官”。但是，读过的大小官员，却都进行了选择性记忆处理，刻意回避海瑞“骂百官”的内容。海瑞在疏中对全体官员的麻木和贪贿之风进行了强烈谴责。他指斥全体官员说，皇帝热衷修醮，你们也跟着怂恿起哄，进献天桃天药，上表祝贺，取香觅宝，坏事没少干。皇帝有迷途的时候，你们不是给他指南针，而是跟在后面制造更大的浓烟，这不是欺君之罪是什么？海瑞还向嘉靖皇帝揭露了所有官员因循苟且、贪赃枉法等种种行为，说严嵩被抄没后，吏治并无改善，反而贪得更厉害，做事更不认真、不尽职，还不如以前呢。皇帝好歹还给了一个“不做商纣王”的表态，帝国的高级官僚们却没有一个人认真对照海瑞揭示的问题，反躬自问，深刻检讨。他们用海瑞“骂皇帝”的简单归纳和故意误读，来掩盖官僚体系的集体贪贿和失职，转移目标。明廷官场集体沉沦，到了如此可怕的地步。海瑞被他们塑造成古怪迂阔、能力有限的清官形象。