“区域社会史”关注儒学在底层的具体实践过程，基本上不涉猎有关儒学教义的抽象讨论，这就和“新儒学”与中国哲学史的研究方法拉开了距离。但仅仅讨论相对抽象的儒家教义与具体关注其区域实践的研究路向之间也容易出现一些缝隙。我当年曾提出“儒学地域化”的研究思路，就是想从“中层理论”的角度尽量弥合此缝隙。“儒学地域化”研究思路强调儒学内部也曾存在“官学”“私学”之分，“私学”在南宋以后呈地域化分布的格局，散落为“地方性知识”，经过多年的演变，其中一些流派的主张又反向渗透进“官学”，成为主流思想意识，然后再借助官府权力完成了对基层组织的下渗。这个过程既不是“新儒学”形成的内在理路所能解释，也不是单纯的“自下而上”的人类学底层视角所能完全概括的[9]。
二、西方中国史研究应用“中层理论”之得失