中外开议后，清廷派出江苏布政使王有龄、按察使薛焕与英方代表威妥玛和俄理范、李泰国等会商有关税率和通商章程等细节问题。桂良、何桂清等人虽奉有咸丰帝密谕，但他们都不主张以全免关税来换取英、法在公使驻京等项上的让步。因为英、法等使对公使驻京等项要求执之甚坚，很难说服其放弃。而且，当时为镇压太平天国起义，清政府财政已形捉襟见肘之窘，如果全免关税，则军费更加无所筹措。更有甚者，即使英、法等国贪一时之利而暂时答应，也无法保证其今后不再重提这些要求。所以他们认为清廷所谓的“内定办法”也不是“一劳永逸之计”。故桂良等曾于9月26日上奏清廷，称“全免入口税课一层，亦为夷人惟利是图，给以便宜，庶易令其就范。但设关抽税，借以稽查，若听其自便，则利柄尽属该夷，奸宄且有不可胜道者。臣等共同商酌，拟请将加惠该夷之恩旨，暂缓宣布”。同时，对于咸丰帝密谕他们务必做到的“第一最要之事”，即取消公使驻京一节，桂良等人认为：“夷性狡黠，似未便明言。”两江总督何桂清也上奏认为：“桂良、花沙纳当海口失守直逼津门之后，无将无兵，徒手空言，力阻其诣阙之请，已属不易……今事已如此，惟有就会议税则，为补偏救弊之计，似未可顿改前约，以致借口失信，另起波澜。臣维征收关税，谓之稽征者，稽查其出入之货，是否违禁而征收其税也。若不征其出入口货税，则无所稽考，竟可任听该夷将我内地货物，即在内地贸迁，胥天下之利柄，尽归于该夷，而我民穷财尽矣。犹之人遭横逆，罄所有以与之，以求免累，仅存空房一所，彼果挈所有而远去，我尚可借空房为栖止，另图整顿。若不能遣去，势必得步进步，登堂入室，我衣食无资，童仆星散，其将何以御之。臣愚以为利柄必应收回，税则不可轻免者在此也。”因此，在谈判过程中，桂良等人一开始并未将“内定办法”和盘托出。直至最后阶段，桂良等人才向英方提出公使驻京问题。交涉结果，英使额尔金除答应在保留公使“随时往来”北京及以后可以提出驻京要求的条件下，考虑另择一地作为公使驻在地以外，对其他各项则予严词拒绝。据桂良等在奏折中转述，额尔金的代表俄理范、威妥玛声明“条约以外之事，均可商量，条约既规定之说，万不能动”。这样，在中外上海会议断断续续进行了半年之后，终于在11月8日签订中英、中美《通商章程善后条约》10款。11月24日，又订立了中法《通商章程善后条约》10款。咸丰帝终于无可奈何地表示：“惟夷情狡执，该大臣等（指参加会议的大臣）迫于时势，亦属势处两难。”按照《天津条约》规定，一年后正式换约。咸丰帝不愿意在北京换约，命令桂良、花沙纳仍在上海等候，以便英、法新任公使来华后在上海换约；同时，清廷解除了两广总督管理外交夷务的职权，任命两江总督为钦差大臣兼办外交。此外，为防止英、法军队再度闯入白河，又命令钦差大臣僧格林沁在大沽口一带布防，两江总督何桂清并奉命把这个消息告诉额尔金，表示清政府希望来年就在上海换约。